علاوه بر یاخته ها ، پروتئین‌ ها هم در ایمنی بدن نقش دارند . پروتئین های مکمل ، گروهی از پروتئین های خون ( محلول در خوناب ) اند . این پروتئین ها در فرد غیر آلوده به صورت غیر فعال اند ؛ اما اگر میکروبی به بدن نفوذ کند ، فعال می شوند . واکنش فعال شدن ، به این صورت است که وقتی یکی از این پروتئین ها فعال می شود ، دیگری را فعال می کند و به همین ترتیب ادامه می یابد . 

پروتئین های فعال شده به کمک یکدیگر ، با ایجاد ساختار های حلقه مانند در غشای میکروب ها ، منافذی به وجود می آورند . این منافذ عملکرد غشای یاخته ای میکروب را در کنترل ورود و خروج مواد از بین می برند و سر انجام یاخته می میرد ؛ علاوه بر آن ، قرار گرفتن پروتئین های مکمل روی میکروب ، باعث می شود که بیگانه خواری آن آسان‌تر انجام می شود . 

یکی دیگر از روش های دفاع ، ترشح پروتئینی به نام اینترفرون‌ است . اینترفرون‌ نوع یک از یاخته آلوده به ویروس ترشح می شود و علاوه بر یاخته آلوده ، بر یاخته های سالم مجاور هم اثر می کند و آنها را در برابر ویروس مقاوم می کند . اینترفرون‌ نوع دو از یاخته های کشنده ی طبیعی و لنفوسیت‌ های ( تی ) ترشح می شود و درشت خوارها را فعال می کند . این نوع اینترفرون‌ نقش مهمی در مبارزه علیه یاخته های سرطانی دارد .